建筑工程施工总承包二级资质的年检流程通常包括以下步骤：
1. **网上申报**：登录公司账号和密码，在资质证书有效期三个月之前进行资质申报，填写内容需按照标准要求；
2. **草签合同**：网上申报通过后，评审部会快递合同以及审核标准等附件到公司。收到合同后进行公司盖章和骑缝章盖章，再扫描发到指定邮箱。草签合同不会回传，之后现场审核时带来即可；
3. **办理汇款**：草签合同办理好后，根据标准款项申请费用，费用申请通过后出纳办理汇款。汇款成功后向出纳索要网银汇款截图，发到指定邮箱，申请成功；
4. **准备资料，预约审核**：准备现场审核的资料，等评审部决定现场审核的老师后，与老师联系预约现场审核的时间，需提前准备好资料；
5. **现场审核**：现场审核时需提交准备好的资料，只要材料资料等没有问题，通常可以很快通过；
6. **后续审核**：现场审核后，评审老师会将审核记录的材料装进档案袋交到评审部，后续审核由专家审核团进行。审核通过后会在网上进行公示，公示期结束后由制证中心通知评审部制作新证；
7. **颁发新证**：颁发新证前，需将原证书的正本和副本快递到评审部，评审部收到原件后会制作新证。

需要注意的是，不同地区的建筑工程施工总承包二级资质年检流程可能会有所不同，具体流程可以参考当地建设行政主管部门的相关规定或通知。