市政工程施工总承包资质不可以单独进行转让。

市政工程施工总承包资质的转让实际上相当于公司的转让，因为资质是与公司捆绑的，不能单独使用和转让。涉及法人变更，市政工程资质证书不能单独进行买卖。

在资质转让过程中，一般是将有市政资质的公司整体收购，然后将获得的证书变更到收购方名下。通过这种方式，收购方可以间接获得相应的资质。

资质转让的方式有整体转让、资质分离、部分股权转让等。其中：
- **整体转让**：适用于省内转让，即把公司整体全部转让给对方。受让方需要调查债权债务、证书有效期、人员配备等情况，没问题后进行营业执照、资质证书、安许证书等变更，并完成交接。这种方式的弊端是转让方的民间债务可能无法查询。
- **资质分离**：适用于只转让部分资质的企业。可成立一个子公司（新成立或老公司均可），将需要转让的资质平移到新的公司，以避免出现债权债务问题。
- **部分股权收购**：直接收购目标公司的部分股权，成为该公司的股东，也算拥有了资质证书。需事先谈判并形成股东会议纪要，修改公司章程，最后进行工商变更。

在进行市政工程施工总承包资质转让时，有一些注意事项：
1. 查看公司背景：了解公司是否各项证件齐全，项目是否出现过安全事故，在行业内的口碑如何等。
2. 调查债务问题：请专业人士进行资产评估，核查债务，避免受让方带来隐形债务。
3. 注意税务问题：查看是否有补缴的税款，完成转让后，需重新到税务部门进行登记。
4. 确认年检情况：企业需在规定时间内参与年检，否则会被记录在工商局档案中，影响企业信用并可能面临处罚。
5. 查看审计报告：检查转让企业注册资金是否为垫资注册，注册资金是否全部到位及有没有抽逃资金的现象。
6. 了解项目情况：清楚公司业绩及在建项目情况，是否出现过事故等。
7. 关注工商问题：确认营业执照有效期及年检是否合格。
8. 留意资质问题：注意建筑资质证书和安全生产许可证有效期等。