可以通过以下几种方式查询工程设计专项资质证书的真伪：
1. **全国建筑市场监管公共服务平台（四库一平台）**：打开浏览器，搜索“全国建筑市场监管公共服务平台（四库一平台）”，找到显示官方字样的网站点击进入。然后在上方搜索框搜索企业名称或者统一社会信用编码，点击搜索。在详细信息栏就可以看到搜索出来的公司，点击企业名称进入详细信息，即可查看公司是否具备相应的工程设计专项资质。
2. **地方住房和城乡建设厅网站**：工程设计专项资质证书由各级住房和城乡建设主管部门颁发。如果想查询的企业注册地在某个省，就在该省的住房和城乡建设厅网站上查询。通过搜索引擎找到该省住房和城乡建设厅官方网站，进入后找到政务服务栏，下方一般会有企业信息查询入口，点击进入后输入企业名称，就可以查询相关建筑资质证书信息。
3. **中国国家认证认可监督管理委员会官网**：部分工程设计专项资质证书可能涉及认证认可。打开该委员会官网后，下拉看到右下方的“快捷通道”，点击“管理体系与服务认证”。进入快捷通道后，找到右下方“相关信息系统”，点击“认证认可业务信息统一查询平台”。在左侧的认证结果查询框中输入正确的证书编号或企业名称，点击查询，并按照提示完成验证码验证，即可查看查询结果。如果下面出现了企业的组织名称和统一社会信用代码，说明该证书是真实的。

需要注意的是，不同地区和行业的工程设计专项资质证书查询方式可能会有所差异，具体可根据证书的颁发部门和相关规定进行查询。同时，要确保在官方、权威的平台上进行查询，以获得准确的结果。在查询时，应仔细核对企业名称、证书编号等信息的准确性，避免因输入错误而导致查询结果有误。