建筑工程行业甲级设计资质和二级建筑资质主要有以下区别：

1. 性质和职能不同
    - 建筑工程行业甲级设计资质：侧重于设计能力，具备该资质的企业能够从事建筑工程项目的方案设计、初步设计、施工图设计等工作。
    - 二级建筑资质：属于施工资质，代表企业在建筑施工方面的能力和资格，能够承担相应规模和类型的建筑工程项目的施工建设。

2. 工作内容不同
    - 拥有甲级设计资质的企业主要负责项目的规划、设计、图纸绘制等前期工作，注重创意和技术方案的制定。
    - 持有二级建筑资质的企业主要进行工程的实际施工、现场管理、质量控制等施工环节的工作。

3. 标准和要求不同
    - 甲级设计资质对企业的技术人员的学历、职称、设计经验和业绩要求较高，尤其注重设计团队的专业水平和创新能力。
    - 二级建筑资质更侧重于企业的施工技术装备、工程业绩、管理人员和技术工人的数量和资格等方面。

4. 可承接项目规模不同
    - 甲级设计资质可以承接不受规模限制的建筑工程项目的设计工作。
    - 二级建筑资质能承接高度、面积、造价等方面有限制的建筑工程项目施工，如高度 100 米以下、建筑面积 15 万平方米以下的建筑工程等。

5. 审批部门不同
    - 建筑工程行业甲级设计资质通常由住房和城乡建设部或省级住房和城乡建设主管部门审批。
    - 二级建筑资质一般由省级住房和城乡建设主管部门审批。

例如，在一个大型商业综合体项目中，具有甲级设计资质的企业负责整个项目的设计方案，而具有二级建筑资质的企业则负责按照设计方案进行具体的施工建设工作。